无论燃油赛车还是电动赛车，散热系统都是赛车正常运行的重要保障。在高温的沙漠中比赛，散热系统的设计更是难上加难。为保证拥有复杂技术且高负荷运转的系统完美工作，奥迪专门开发了精心设计的冷却系统。奥迪在复杂冷却技术方面经验丰富，搭载混动驱动系统的奥迪R18 e-tron quattro斩获三届勒芒24小时耐力赛冠军，加之奥迪在Formula E赛场上的丰富经验，极大地推动这一冷却系统的诞生。
然而，此次征战的目标截然不同：出征勒芒24小时耐力赛赛车的首要任务是尽可能地提高空气动力学效率，而征战沙漠的原型车关注的则是实现最佳散热。因此，奥迪RS Q e-tron赛车拥有多个冷却回路，包括：高压电池（HVB）低温回路、发电机模组（MGU）低温回路、转向助力与千斤顶回路、空调冷却回路、冷却剂和增压空气的双高温回路，专为最大负荷设计，以确保赛车始终保持适宜的温度。
高压电池使用了一种名为Novec的绝缘冷却剂，其低温回路散热器位于前车盖下方；三个MGU模组通过低温回路实现互联，通过车辆前端左侧散热器散热。对工程师而言，低温回路是极为特殊的挑战，由于温差小，40度的沙漠空气只能使60度的冷却剂略微冷却。