第十一代皇冠在1999年推出，轿车版除了‘Royal’系列还首次推出了ATHLETE运动系列。（可能是现在双风格外观套件的“祖先”）这一代皇冠在造型设计上更具现代气息。内饰部分也经过重新设计，中控台上下部分采用了不同配色。它还全新采用了前双叉臂+后多连杆的悬架形式。
第十一代皇冠没有出口，仅在国内销售。还被改造成警车、灵车等特种车辆。
第12代皇冠于2003年推出，它基于“零皇冠”概念打造，这意味着“从零开始重新设计”。新皇冠采用流线型车身造型，风阻系数仅为0.27。
第12代皇冠也是第一代实现国产的皇冠。一汽丰田国产皇冠在2005年3月正式上市，共推出7款车型，价格区间为32.8-48万元。国产皇冠以第十二代皇冠Royal系列为原型，它们的主要区别包括：国产车型起初仅提供3.0升发动机，并取消直喷技术，后来又增加了2.5升动力版本，国产皇冠的底盘由于中国的路况比较复杂而升高了10mm，并且不提供四驱版本，还取消主动转向大灯和夜视系统，原版的发动机盖采用铝合金材质，国产版改为不锈钢材质。
得益于早期进口到中国的“老皇冠”积攒下的良好口碑，皇冠在国产初期的销量一度超过了奥迪A6L。到2006年底，皇冠的销量累计突破6万辆，在高级车市场中的占有率超过30%。
第13代皇冠2008年发布，这也是皇冠首次推出混动版的车型。丰田将皇冠的主要竞争对手定位了宝马5系、奔驰E级、奥迪A6L上。
2009年12月，国产第13代皇冠正式上市，它基于海外版皇冠MAJESTA车型上打造而来，并且相比海外版的MAJESTA国产的皇冠还对尺寸进行了进一步的升级，长宽高达到了5005/1810/1500（mm），比上一代国产皇冠分别增加了150mm、30mm、20mm；而轴距达到2925mm，比上一代国产皇冠长出75mm。