而在最为重要的手动变速箱方面，将采用车迷较为熟悉的iMT变速箱，即可根据驾驶者的离合和换挡操作，让ECU得以控制到最佳转速来实现换挡。当然，驾驶者也能通过灯闪信号从而实现在发动机最佳工况下换挡。为了避免起步儒懦（低扭），最终传动比也从自动挡的3.15缩减至3.46。
由于此前该车并未考虑手动挡车型，为了实现完美的人体工学设计，丰田对档杆的重量、形状以及换挡接合的质量进行重新设计。同时，也选择更重的球形档杆头（200g），以便驾驶者能够从任何方面操作。当然，档杆头也将拥有GR品牌标识。
·宝马M4 CSL引出两款GR SUPRA
其实GR SUPRA得以拥有手动挡版本，除了工程师的不懈努力以外，最重要还是拥有宝马的协助。要知道，GR SUPRA\Z4的3.0T直列六缸发动机（B58）此前并没有推出手动变速箱，而拥有手动变速箱版本的宝马Z4也不过是应用于2.0T发动机（B48）。