内饰方面，全新奥迪Q3在车内采用了许多多边形元素，驾驶员正对的中控台部分，通过八边形造型与前脸格栅相呼应，提升了整体感。新车的仪表盘和中控台还呈现出双层的横向设计效果，上面一层是空调出风口，下面一层则是带有黑色面板的控制区域及副驾驶前方的外凸造型，看起来很有层次。
全新奥迪Q3全系标配全液晶仪表盘，高配车型还将从10.25英寸仪表升级成12.3英寸的奥迪虚拟驾驶座舱，可以在仪表盘显示完整导航地图等更丰富的信息。根据配置不同，全新奥迪Q3将提供8.8英寸和10.1英寸两种尺寸的MMI中控触摸屏，支持连续手写输入、自然语音控制，操作十分顺畅。
值得表扬的是，全新奥迪Q3全系标配三区自动空调，国产车型还额外提供空气净化系统。此外，新车还配有奥迪手机盒子，除了能为手机无线充电之外，还可与车顶天线连接，起到信号放大作用，支持LTE高清语音通话。
全新奥迪Q3全系均使用皮质座椅，座椅填充物软硬适中，并不是完全追求舒适的取向。乘坐空间出乎对于小型SUV的预期，不但空间充裕，还为后排座椅提供了前后150毫米移动、靠背7挡可调、4/2/4比例放倒等丰富的功能，将功能性发挥到极致。全新奥迪Q3的后备厢标准容积为450升，全系标配的电动尾门，地板高度支持2级可调，在调节到高档位时，可将隔板储存在地板下方，解决了取下的隔板无处放置的难题。