除了配置上的差异，奔驰E级车本身也存在一些设计上的缺陷，不过全新的奔驰E级车采用发电机和电动机组合的动力系统，或将会有所改善。之前版本的奔驰E级车，就有着换挡顿挫感很明显的问题。1档升2档，会有一个明显的停顿。而如果1档在升4档时，油门不足，也会有很明显的顿挫感。
另外就是奔驰的M264，它启动时，发动机的声音很大。而E级车，它原厂的轮胎，胎噪很明显，即使它有着很好的隔音设计，但在过一些坑洼路段和减速带时，还是能够明显听到噪音。这就需要车主去专门更换静音胎，才能够妥善的解决这一问题。
奔驰E级车的自动启停逻辑，设计得太灵敏。使用时，如果是刚解除启停，车子就会很快减速刹停，这之后启停又会自动启动。雷达的设计，则是稍显迟钝，车身和障碍物间的距离过小时，会发生误判，进而发出警报。
在智能配置方面，对比国内车企推出的车型，其实是不够的，特别是在当下比较流行的驾驶辅助功能的配置。智能辅助驾驶是国内车企带起的节奏，在这一方面，国内的车企完全走在了世界的前列，而很明显，德国人还没有能够赶上。并且全新的奔驰E级车，并线辅助、车道偏离预警等功能只有顶配才有，低配版连选装的资格都没有。