R35摩托车使用的是一台直列三缸4冲程水冷发动机，这款发动机的排量为348cc，最大功率为31.4kw/12500rpm，最大扭矩为29.6Nm/10000rpm。这款发动机采用了DOHC双顶置凸轮轴和每缸4气门的设计，具有轻量化、高转速和高动力输出的特点。