是的，杭州市区对绿牌车也有限行措施。根据杭州市政府的规定，非浙A车牌的车辆在工作日（周一至周五）的早晚高峰时间（7:00-9:00和16:30-18:30）需要在限行区域内行驶的需要办理通行证。而浙A区域号牌、非浙A区域号牌、外籍车辆等都需要遵守相应的限行规定。