是的，通常4S店在升级ECU（发动机控制单元）时会收取一定的费用。这是因为升级ECU涉及到重新编程和测试，需要专业的设备和技能来完成。具体费用会根据车辆型号、升级内容以及4S店的收费标准而定。建议在升级前与4S店详细咨询了解相关费用。