汽车天窗进水的维修费用因车型、损坏程度和修理厂的不同而有所差异。一般来说，如果仅仅是天窗进水导致的一些小问题，如开关故障或电机损坏等，可能只需要几百元到一千元左右。但如果需要更换密封条或者整个天窗系统，那么费用可能会达到几千元甚至更高。建议在去修理厂之前先联系保险公司了解相关理赔情况，并询问具体的报价以做好预算。