不一样。机动车登记证书编号是车辆管理部门在发放《机动车登记证书》时，为每辆汽车编定的唯一号码，记录在《机动车登记证书》上。而行驶证编号则是车辆管理部门在发放《机动车行驶证》时，为每本行驶证编定的唯一号码，记录在《机动车行驶证》上。这两个编号都是唯一的，但分别记录在不同的证件上。