车内被奥迪称之为“数字舞台”，算是曾经“虚拟座舱”的升级版，其中包括独立的MMI全景显示屏和MMI副驾乘客娱乐显示屏。前者采用了曲面设计和OLED技术，包括11.9英寸的全液晶仪表盘和14.5英寸的MMI中控显示屏。副驾位置配备的显示屏为10.9英寸，自带隐私模式，可以在不干扰驾驶员的情况下观看电影，也可以同步导航等信息。
Q6 e-tron可以选装带有增强现实（AR）功能的抬头显示（HUD）系统，在挡风玻璃上反射出图像，包括向驾驶员显示速度、交通标志以及辅助和导航图标等相关信息。
车机交互功能也有升级，可以使用奥迪的自学习语音助手控制许多车辆功能，该助手首次以仪表板和增强现实抬头显示中的形象化方式呈现。通过短语“Hey Audi”激活数字助手后，该助手会不断从用户的行为中学习，并主动提供建议、智能程序和智能列表。与此同时Q6 e-tron还将引入基于Android Automotive的全新信息娱乐平台，是与大众集团的软件公司Cariad合作开发，就是之前因为研发不力，高管被集体“炒鱿鱼”的那个团队。
内饰采用了不少可回收材料，如Dinamica超细纤维、Elastic Melange织物和Econyl再生尼龙。根据配置的不同，还可以选择一些经典装饰材料，如Nappa皮革、木纹饰板以及拉丝铝。
由于Q6 e-tron还未推出国产长轴版本，所以后排的腿部空间一般。不过对于当下这些新的生产平台来讲，想拉长轴距拓展空间已经不算难事了。后备厢常规状态下容积为527L，后排座椅全部放倒后可以扩大到1529L。