进入大众ID.3的车内，整体的座舱布局依然带有燃油车时代的印记，中控台与扶手区域形成标准的T型结构，台面采用分层式的材质覆盖，形成了较为立体的型面造型，出风口位于台面前端，并分列中部和两侧区域，台面中央配有一块悬浮屏，下方保留了简洁的触控按键，仪表区取消了常规的拱形台面，采用了5.3英寸的全液晶仪表，能提供简洁清晰的行车信息交互。
10英寸的中控屏集成了IQ家族的全新车机，具有较为齐全的内部功能，包含了GPS、多媒体、蓝牙和CarPlay/CarLife/原厂互联功能，同时车内还带有车联网和4G网络，进一步方便了日常的车联生活。全系车型均带有IQ.Drive辅助驾驶系统，但纯净智享版只配备了L1级辅助功能，而极智版则标配了L2级辅助功能，具有了全方位的预警和影像功能，增强了日常行车的安全性。
作为一台紧凑级车型，大众ID.3有着4261*1778*1568mm的车身尺寸和2765mm的轴距数据，虽然车身长度较为紧凑，但四个车轮分列车身四角，使得车内纵向空间保持足够的宽裕，座椅采用皮织混搭的面料覆盖，内部整体带有相对厚实的填充支持，使得乘客的支撑和舒适度进一步保证，虽然是一台两厢车型，但由于后排可进行放平，后备厢拥有了385—1267L的可调容积，足够满足日常出行的装载需求。