国产航海家的内饰与海外版本车型的差别还是比较明显的，整体风格向冒险家、飞行家靠拢。车厢内采用了实木、金属、真皮、钢琴烤漆面板等多种材料组合，营造出豪华感较强的内饰氛围。这也是美系豪华车的特点，即便是四十万级别的车型，用料方面也不会含糊。
细节来看，中控台设计主要采用横向平行线条，让车内的视觉效果更具开扬感。最显眼的莫过位于中央的12.8英寸超大触摸屏，显示效果清晰，其搭载的SYNC+智行互联系统在功能上也相对丰富，唯独是这块屏幕的面积有点偏大了，整体来看反而略显不协调。
配置方面，航海家也不含糊的，全速自适应巡航、全景影像、电动尾门、方向盘加热、手机无线充电、前排座椅加热通风按摩、双温区空调等等。基本上能用上的舒适性、驾驶辅助功能都已经配备上，配置水平算是很给力。
美系车的注重乘坐体验，打造豪华舒适座椅也一直是林肯擅长的事情，2.7T总统版车型采用了定制的全粒面半苯胺豪华皮革，手感细腻。同时作揖还支持22向电动调节，再加上前面提到的通风加热按摩功能，座椅的舒适性真心不错。