在座椅布局方面，全新林肯飞行家Aviator拥有三排三种座椅布局。六座车型首次配备二排"机长座"，座垫加宽67mm、椅背加宽65mm，椅背角度可调10度，拥有更舒适的乘坐感受。行政版与总统版车型第二排标配有中控和中央扶手，提供饮品置放、物件收纳等功能。
带30向电动调节的座椅，为前排驾乘者提供包含坐垫、椅背、腰托的全方位按摩与调节功能，并支持坐垫对左右大腿支撑的分别调节。而且全系标配前排座椅加热与通风功能，并在行政版与总统版配备包含3级强度在内的5种按摩模式。
"智能手机钥匙"功能，出现在了国产的全新林肯飞行家Aviator车上，车主可以告别实体钥匙通过手机轻松解锁车辆，开启行李厢，甚至启动车辆。每辆车最多可绑定四个"智能手机钥匙"，配合车门密码锁功能，无需车钥匙与手机，能够随时与亲朋好友共享座驾。