奥迪e-tron拥有一个最独特的亮点，即它是奥迪首款使用电控液压集成制动控制系统（integrated Brake control system）的量产电动车型，将驾驶员常规的脚下踏板动作转化为电信号，制动力的大小由电子单元控制，使刹车更为智能。
当需要的制动力小于0.3g时，奥迪e-tron会通过两个驱动电机进行反拖减速，实现制动能量回收；当需要制动力大于0.3g时，电控液压制动会启动，此时能达到传统刹车响应速度的两倍。
奥迪e-tron的制动能量回收系统能为整车续航里程贡献高达30%，用方向盘后方的换挡拨片可以手动调整制动回收的程度。制动能量回收分为高、中、低三个挡位，最高挡时，驾驶员基本可以实现“单踏板控制”车辆加速与减速。
由于刹车踏板并没有与液压系统直接连接，所以驾驶员不会感受液压制动和机械制动之间的转换，驾驶感受很自然。
奥迪的电控液压集成制动系统能与车载传感器数据、导航数据、car-to-x数据实现互联。与选装配置自适应巡航辅助系统配合使用时，能效辅助系统还能预测性地使奥迪e-tron自动进行加、减速，这样使紧急情况下刹车更加安全。