AT变速箱的液力变矩器相当于手动变速箱的离合器，只是液力变矩器是靠变速箱油传递动力的，可以实现手动变速箱离合器半联动的效果，而且几乎不用担心磨损、过热的问题。但是通过变速箱油来传递动力效率很低，无法实现真正的硬性连接。而手动挡离合器完全结合后就是硬连接状态。所以工程师在液力变矩器里也设置了一个锁止离合器，当车速达到一定程度后可以将离合器锁止形成硬连接，可以提高传动效率。
但即便如此液力变矩器由于重量过大，转动时仍然要比手动挡离合器消耗更多的动力。
2、动力传输方式
手动变速箱是齿轮对齿轮的传动方式，每个档位两个齿轮，整体结构简洁明了，传动部件更少、更轻，因此可以降低传动过程中的损耗，提高传动效率。上图就是一个手动变速箱的传动部分，可以看到结构非常简单。
而AT变速箱为了实现平顺、快速的换挡，采用的是多组行星齿轮结构组合出不同的档位，齿轮多、齿圈大、重量大，因此传动过程中动力损耗更多。上图就是一个AT变速箱的内部结构，在传动过程中中间那一大坨里面绝大部分部件都在旋转，你就可以想象一下动力损耗的差距有多大。
3、附件损耗
手动变速箱结构简单，甚至连润滑都是齿轮飞溅润滑，所以动力经过变速箱时没有其他损耗，都损耗在传动上了。
而自动变速箱损耗动力的地方就多了，首先变速箱油泵既要提供润滑又要给换挡提供动力，其次各种传感器、电磁阀、电控离合器等要消耗电量，虽说不多，但终归是有的。
由此可见AT变速箱传动效率低是其特性决定的。
AT的手动模式依然无法改变其本质
AT变速箱的手动模式局限性很大，并不能像真正的手动变速箱那样随心所欲。只是在一定程度内给了驾驶员主动控制档位的权限。而且说是手动模式，其实并不是你直接通过档杆去操作变速箱换挡机构，而是传递信号给变速箱电脑，由变速箱电脑去执行。也就是说你用手动模式从1挡升到2挡和变速箱自动模式下从1挡升到2挡是一模一样的操作。