车机系统上，奥迪S6与国产的奥迪A6L略有不同，二者均通过12.3英寸数字仪表盘、10.1+8.6英寸液晶触控屏以及HUD抬头显示系统达成了四屏联动，但奥迪S6的MMI信息娱乐系统却在CarPlay之外，还保留着对Android Auto手机互联的支持，而它的语音交互则没有接入空调系统。
此外，国产长轴距版的DVD播放器、12V电源接口以及后排USB接口也没有在S6中出现，奥迪对此的解释是“为了尽可能减少不必要配件重量对性能表现的干扰”。
但有趣的是，奥迪S6在辅助驾驶方面有比较不错的保留，全景影像、全速自适应巡航以及国产车型所不具备的自动泊车功能均为标配。但我们说的趣味点在于奥迪S6的许多主动式安全系统还是需要选装，而在跟国产奥迪A6L一样标配主动刹车的情况下，它将国产车型中只需要200元选装的车道偏离预警作为了标配，而国产顶配车上单个成本更高的并线辅助、车道保持辅助则需要选装，而后者无法获得的道路交通标识识别在奥迪S6身上也是付费项目。换句话说，你想要在一台进口奥迪身上体验国产奥迪不具备的智能驾驶能力就需要付出比裸车更多的成本，否则都只是些基础轻度体验而已。
由于没有产生结构性的调整变化，奥迪S6在空调表现虽不如长轴距的奥迪A6L出色，可不论是运动风格的皮革+Alcantara麂皮混织座椅，还是宽敞的后排空间与分区空调/多功能玻璃支持，都能继续确保舱内的综合舒适。