1999年，第二代普拉多首次迎来中期改款，在部分外观细节上有所调整，同时为了适应新的交通法规，还在保险杠上面增加了雾灯。而这一代普拉多，已经开始逐渐流入中国市场。现在在我国南方地区，仍然可以找到品相较好的第二代普拉多。
第三代丰田普拉多（J120）：2002～2009,我相信大家已经很熟悉了。因为从这一代开始，丰田普拉多正式国产了。
2003年9月5日，由一汽丰田生产的国产版普拉多在四川丰田工厂下线。这不仅仅是国内唯一一条普拉多的生产线，同时也是一汽集团和丰田的第一个合作结晶。丰田普拉多的“霸道”之名，也正是从这一代车型开始，享誉全国。
第三代普拉多可谓是经典之中的经典，除了延续自身的产品力优势外，丰田还基于这代普拉多研发出了雷克萨斯GX和丰田LJ酷路泽。
即使以现在的眼光来看，第三代普拉多的设计仍然不过时。圆润的车身加入了不少硬朗的线条，把第一代车型和第二代车型的设计做了整合。另外，从这代车型开始，普拉多已经逐渐有向豪华SUV发展的趋势。不仅融入了更多的时尚元素，内饰也开始注重品质感。
其实这一代普拉多已经配备了很多我们耳熟能详的配置，比如G-BOOK、陡坡缓降等等。不仅如此，丰田开始为这一代普拉多引入人机交互系统，甚至还可以选装车载电视，可见丰田普拉多在这一代车型上已经逐渐转型为“越野兼家用”的硬派SUV。