奥迪Q6 e-tron的内饰布局清晰，柔和环抱式的设计从车门延伸到整个座舱再到中控台，营造出融洽、温馨的空间感。奥迪Q6 e-tron的座椅配色与内饰相统一，低矮纤薄的水平空调出风口进一步提升车内视觉效果，一组控制装置巧妙地整合在驾驶员侧门把手的黑色面板中，与现代化的内饰完美协调。
在内饰选材上，奥迪Q6 e-tron从功能性出发，针对不同区域采用了不同的材料，以满足不同需求，例如注重舒适性的区域采用了柔软的质感材料，而操控区域则采用了醒目的高光黑，以提高人车交互清晰度。奥迪Q6 e-tron的内饰材质还采用一系列环保材料，将豪华和可持续设计兼顾。S line车型的运动座椅可选配Elastic Melange织物面料，由100%可回收的聚酯纤维制成，S line和S车型的plus版运动座椅可选配Dinamica超细纤维材料。奥迪Q6 e-tron的仪表板标配精美的火山灰色漆面，其中部分由可再生材料制成，车内地毯则应用了由100%可回收的尼龙纤维组成的Econyl环保材质，在提供奢华细腻质感的同时，也保证了触感的柔软舒适。
奥迪MMI（多媒体交互系统）全景显示屏和MMI副驾驶显示屏共同构成极富未来科技感的“数字舞台”，超薄、独立式的奥迪MMI全景显示屏采用全新OLED曲面屏设计，由11.9英寸的奥迪虚拟座舱全景显示屏和14.5英寸的触摸屏组成。10.9英寸的MMI副驾驶显示屏，完美地整合在仪表板内，具备防窥功能的主动隐私模式，还能够提供导航等功能，可为副驾驶舱乘客提供更好的数字化体验。