开车遇到绿灯在中间停下是否会扣分，需要根据具体情况来判断。如果是因为交通堵塞或者前方有事故等情况而被迫停车等待，且没有违反其他交通规则，一般情况下不会被扣分。但是如果是因为驾驶者个人原因，比如犹豫不决、身体不适等而主动停车，可能会被判定为违反交通信号灯的通行规定，从而被扣分。因此，建议在驾驶过程中遵守交通规则，遇到绿灯时也应当谨慎驾驶，确保行车安全。