车辆违章被扣12分后，处理方式如下： 1. 驾驶员需要前往交警部门接受扣分处理，处理完毕后需要参加道路交通安全法律、法规的学习。 2. 完成学习后，需要参加科目一的考试，考试合格后，计分会进行清除，然后驾驶员可以取回驾驶证。如果考试不合格，则需要重新参加学习和考试，直到合格为止。 请注意，在暂扣驾驶证期间不得驾驶机动车，否则属于无证驾驶。此外，如果是因为某些特殊原因无法在规定时间内处理违章扣分情况，建议及时咨询当地的交警部门了解如何处理。