摩托车报废后，车牌会自动注销。按照规定，机动车在报废后，车主需要携带机动车相关证件到车管所办理报废手续，并将车辆送至回收机构进行报废处理。当车辆被回收机构回收并处理后，车辆的相关信息将被注销，包括车牌号码。因此，当摩托车报废后，车主不需要担心车牌问题，因为车牌会自动注销。