是的，危险品运输车超时驾驶会被扣分。在中国，根据《道路交通安全违法行为记分分值》的规定，驾驶中型以上载客载货汽车、校车、危险物品运输车辆在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速20%以上或者在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速50%以上的，一次记12分。 此外，如果危险品运输车在行驶过程中违反了其他交通法规，也可能被扣分或者受到罚款等处罚。因此，危险品运输司机应当严格遵守交通规则和相关规定，确保行车安全。