是的，摩托车第二年仍然需要缴纳车船税。根据您提供的信息，车船税是按照年度进行申报的，所以即使摩托车已经购买了一年，第二年仍需继续缴纳车船税。具体的申报和缴纳期限可能因地区而异，建议您查阅当地政府的相关规定以获取更准确的信息。