牧马人4×e撒哈拉搭载了Selec-Trac Active On-Demand智能机械分时四驱系统，拥有2H（后驱高速）、4H Auto（智能四驱）、4H（高速恒时四驱）、4L（低速极限四驱）共四种模式。动力通过变速器传输至双速分动器，在低速时可实现2.72：1的扭矩放大功能，并通过中央锁止功能，配合新一代Dana 44前、后桥，可以在复杂的路况环境中提供恒定50：50的前后轮扭矩分配以及超1000Nm的强大扭矩。如果遇到附着力较差的，如冰雪、砂石等路况时，所搭载的Trac-Lok限滑差速器能够为牧马人提供强悍的脱困能力。
为了保持良好的越野性能，不侵占车内空间和降低底盘离地间隙，由三星提供的17.3kWh 96芯锂离子镍锰钴电池组被设计在了后排座椅座垫的下方。与空调制冷系统相连的强大热管理系统实时为电池组提供最佳工作温度保障，在恶劣天气条件下，可以为电池组进行强制冷却。
与大多数插电混动车型一样，牧马人4×e撒哈拉拥有三种动力输出模式，分别为Hybrid（混动）、ELECTRIC（纯电动）和E-SAVE（电量保持）。驾驶者可通过方向盘左侧仪表台按键进行不同模式的切换。无论选择以何种模式行驶，一旦电池接近最低充电状态，牧马人4×e会自动切换至混合动力模式。